현재 에너지기술평가원은 국가 연구개발 추진에 가장 큰 걸림돌로 지적되는 연구개발 자금 부정사용을 뿌리 뽑기 위해 부패신고 내·외부 고발활성화와 부정사용추적을 위한 직무감찰을 추진하고 있다. 또 부패신고 고발시스템은 외부기관에 위탁운영하고 있으며, 익명으로 처리해 신분을 철저히 보장하고 보상금도 최대 10억 원, 포사금은 최대 2억 원으로 상향시켰다.
특히 에너지기술평가원은 직무감찰의 경우 감사실이 위탁정산회계법인과 함께 정산과정에서 내부거래나 가격 부풀리기 등 연구비 부정사용이 의심되는 과제에 대해 수시로 철저한 감사에 착수할 방침이다.
이밖에도 에너지기술평가원은 연구비 부정사용 발생 시 연구비 환수와 사업참여 제한, 과징금 부과 등을 비롯해 경찰고발 등 엄중한 대처를 추진하고 있다.
한편 에너지기술평가원은 최근 실시한 일부과제 재 정산에서 연구비 부적정사용 16개 기관에 대해 1억4000만 원의 연구비를 환수하고 11개 기관에 경고한 바 있다.
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